海軍作戦コマンド
    北ルソン方面海軍管区（NAVFORNOL）：北ルソン方面コマンド（NOLCOM）の作戦指揮を受ける。
    南ルソン方面海軍管区（NAVFORSOL）：南ルソン方面コマンド（SOLCOM）の作戦指揮を受ける。
    西部方面海軍管区（NAVFORWEST）：西部方面コマンド（WESCOM）の作戦指揮を受ける。
    中央方面海軍管区（NAVFORCEN）：中央方面コマンド（CENTCOM）の作戦指揮を受ける。
    東ミンダナオ方面海軍管区（NAVFOREASTMIN）：東ミンダナオ方面コマンド（EASTMINCOM）の作戦指揮を受ける。
    西ミンダナオ方面海軍管区（NAVFORWESMIN）：西ミンダナオ方面コマンド（WESTMINCOM）の作戦指揮を受ける。
    艦隊海兵待機部隊
海軍支援コマンド
    海軍海洋システム隊（NSSC）：造船所の管理や技術開発、艦艇の造修整備を担当する。
    海軍教育・訓練隊（NETC）
    海軍予備役隊（NAVRESCOM）
    海軍施設旅団（NCBde）
    カヴィテ海軍基地
海軍支援部隊
    海軍情報保安部隊
    フィリピン海軍財務センター
    海軍兵站センター
    マニラ海軍病院
    カヴィテ海軍病院
    ボニファシオ海軍基地
    海軍司令部および司令部付隊

旧アメリカ海軍艦として「ラジャ・フマボン」(フィリピン海軍に編入される以前、海上自衛隊であさひ型護衛艦として就役していた)、リサール級 2隻、ミゲル・マルバー級 6隻、および旧イギリス海軍艦としてジャシント級コルベットが主力となっていた。

このことから、2011年より、アメリカ沿岸警備隊の長距離用カッター（WHEC）であるハミルトン級カッターの中古艦の取得を開始した。同年3月には初号艦である「ハミルトン」をフリゲート「グレゴリオ・デル・ピラール」として再就役させており、最終的には、計8隻の整備を計画している[14]。

2012年9月、フィリピンの国会は、近い将来に海軍がイタリアからマエストラーレ級フリゲート2隻を導入するための予算案を承認するとともに、「グレゴリオ・デル・ピラール」の兵装を強化することを決議した[16]。

2014年6月5日、フィリピン海軍に浦項級コルベット1隻の導入が決定した。本艦は2014年末に韓国海軍を退役後、フィリピン海軍に移籍する。これにより、フィリピン軍は初めて対潜戦および艦対艦ミサイルの運用に挑戦することとなる。

2016年10月27日、韓国中央日報は同国の造船大手である現代重工業が、同月24日にフィリピン国防省から「2600トン級護衛艦」2隻の建造を受注したことを報じた[18]。仁川級フリゲートを小型化した「HDF-3000」と呼ばれるタイプで、1番艦「ホセ・リサール」は2020年5月23日にフィリピンに到着した[19]。

1993年に韓国から購入したチェビ型哨戒艇をコンラッド・ヤップ級として再就役させたが、段階的に退役しつつある。代わって、アメリカ海軍のサイクロン級哨戒艇のネームシップを「マリアーノ・アルバレス」として導入したほか、韓国海軍のチャムスリ型哨戒艇の準同型艇をトマス・バティロ級として8隻配備。2021年にはイスラエルにシャルダグMk.V高速戦闘艇8隻を発注した[20]。

従来、大戦型のLST-542級戦車揚陸艦（LST-1級最後期型） 7隻を主力としてきたが、1993年から94年にかけて、アメリカ陸軍のフランク・S・ベッソン・ジュニア大将級兵站支援艦をもとにしたバコロド・シティ級兵站支援艦（英語版） 2隻を就役させた。

2010年には、韓国製のターラック級輸送艦（英語版）2隻の取得計画が発表された。これは、韓国がインドネシアに輸出したマカッサル級揚陸艦（英語版）の派生型であり、汎用揚陸艇 2隻を収容できる。1番艦「ターラック」は2016年6月1日に、2番艦「ダバオ・デル・スル」は2017年3月31日に就役した。

また輸送艦として、日本製のRO-RO船の取得が計画されていた。これは、代議院の国家防衛・安全保障小委員会により、もっとも優先度の高い計画の一つとして、2012年から2016年までに2隻を取得する予定とされていた[21][22][23]。その後、国産揚陸艦「タグバヌア（英語版）」を2011年に就役させたほか、他国海軍から中古の揚陸艇を導入しており、オーストラリア海軍のバリクパパン級揚陸艇（英語版）6隻を入手し、2021年には韓国海軍から「ママンワ（英語版）」を導入した。

フィリピン海軍は、小規模な海軍航空隊を保有している。海軍航空隊は、部隊管理上はフィリピン艦隊の隷下に属し、フォース・プロバイダー（練度管理責任者）として機能する。保有機材は連絡機としてブリテン・ノーマン アイランダー 8機およびT-41 2機、救難機としてMBB Bo 105 2機、練習機としてロビンソン R22であり、フィリピン海軍には艦載機を運用可能な艦艇がないため、いずれも陸上機として運用されている。

また対潜哨戒機として、海軍に哨戒ヘリコプターを計2機導入することが決定しており、これまで事実上の無防備状態であった潜水艦の脅威への備えが大幅に強化される[16]。
2016年5月には、日本から最大5機のTC-90をフィリピン海軍へ有償貸与する事が両国間で合意した。南シナ海での監視能力強化を図りたいフィリピンはP-3C対潜哨戒機を希望していたが、高度な運用能力を要し維持費も高いP-3Cに代わり、より扱い易く維持費が安いTC-90の移転が前年から検討されていた[24]。

なお、これは自衛隊装備の他国供与第一号となる。当初は無償や格安での譲渡が検討されたが、従来の日本の財政法は国有財産の無償供与や実勢価格より安く売却することを禁じており、C90の中古市場価格である3000万円での売却を求めた日本と、無償供与を求めるフィリピン側と折り合わなかったため、貸与という形となった[27]。